Да, в некоторых случаях в выдаче документа может быть отказано. Основания для отказа:

• представление заявителем документов, не соответствующих требованиям федеральных законов, иных нормативных правовых актов Российской Федерации, законов города Москвы, иных правовых актов города Москвы;
• несоответствие объекта капитального строительства разрешенному использованию земельного участка и (или) ограничениям, установленным в соответствии с земельным и иным законодательством;
• отсутствие права у заявителя на получение разрешения на ввод объекта в эксплуатацию;
• несоответствие объекта капитального строительства требованиям градостроительного плана земельного участка;
• несоответствие объекта капитального строительства требованиям проекта планировки территорий и проекта межевания территорий (в случае обращения заявителя за выдачей разрешения на ввод в эксплуатацию линейного объекта);
• несоответствие объекта капитального строительства требованиям, установленным в разрешении на строительство;
• несоответствие параметров построенного, реконструированного объекта капитального строительства проектной документации (не применяется в отношении объектов индивидуального жилищного строительства);
• отсутствие необходимых документов.